Es el órgano encargado de gestionar y garantizar el desarrollo de los planes, programas y proyectos de Educación Física en las diferentes instituciones educativas públicas y privadas del país, para el desarrollo y fomento del currículo vigente.
Las instancias departamentales que la conforman son:
a) Departamento de Supervisión y Gestión.
- Supervisión Docente.
- Capacitación.
- Enlace Curricular.
b) Departamento de Higiene y Salud Escolar.
- Pruebas de Aptitud Física.
- Educación Física Adaptada.
- Prevención y Mitigación de Desastres Naturales.
- Cuidado Ambiental y Atención Curricular.